Põllumajandusamet moodustati Taimetoodangu Inspektsiooni, piirkondlike maaparandusbüroode ja Maaparanduse Ehitusjärelevalve- ja Ekspertiisibüroo liitmise tulemusena. Ühendameti loomise vajaduse tingis asjaolu, et riiklikku järelevalvet on õigus teostada ainult valitsusasutustel. Senini esines vastuolu, sest järelevalvet teostasid lisaks inspektsioonile ka maaparandusbürood ning Maaparanduse Ehitusjärelevalve- ja Ekspertiisibüroo.

Põllumajandusministeeriumi maakondades paiknevate asutuste koondamisel ühte maakonnatasandil olevasse keskusesse lähtuti printsiibist „kõik ühest kohast“, see tähendab, et on üks konkreetne valitsusasutus senise mitme asemel.

Põllumajandusameti peadirektor Illar Lemetti sõnul koondatakse juhtimis- ja haldusfunktsioonid, mistõttu hakatakse ühtselt haldama tugiteenuseid, samuti ameti valduses olevat riigivara ja vahendeid, korraldatakse riigihankeid, tehakse eelarve- ja finantskontrolli, raamatupidamist ja personalitööd. Kõik see tagab pikemas perspektiivis kulude kokkuhoiu.

Põllumajandusameti peamaja on Sakus ja igas maakonnas asub kohalik keskus.