Keskkonnakaitseorganisatsioonide arvates pole ametnikud hoolitsenud selle eest, et gaasijuhtme ehitamisel loodusele tekitatud kahju heastatakse.

Looduskaitsjate sõnul vabaneb põhjamudast kaevamisel lämmastikku ja fosforit, mis ohustab mereasukaid.

Venemaa peaminister Vladimir Putin kinnitas kolmapäeval Läänemere seisundit käsitlenud foorumil, et gaasijuhtmest Nord Stream saab täiesti ohutu, kindel ja tõrkevaba transiidimarsruut. Putini sõnul investeeriti Läänemere keskkonnaekspertiisidesse ligi kümme miljonit eurot. Vene valitsusjuhi kinnitusel on tegemist enneolematult ulatuslike uuringutega ning enneolematult suure rahasummaga. Putini väitel võeti projekti väljatöötamisel arvesse "mitte üksnes majandusliku otstarbekuse kriteeriume, vaid ka maailma kõige rangemaid keskkonnanorme".  Putini osalemine Helsingis 10. veebruaril toimunud Läänemere regiooni tegevuskonverentsil võis mõjutada ka Soome lõplikku otsust lubada Nord Stream enda vetesse.

ELF on varem arvanud, et ehkki Nord Stream AG esindajad on viidanud sellele, et tegemist on ühe mahukaima keskkonnamõjude hindamise protsessiga Läänemerel, on sisulise poole pealt kahjuks tekkinud põhjendatud kahtlused mitmete keskkonnamõju hindamise aruandes esitatud väidete suhtes. Samuti on jäänud hindamata maismaa marsruudi rajamise võimalus. Need asjaolud annavad põhjuse nõudeks jätta gaasijuhtme rajamine katki või täiendada puudujääke.