Euroopa Kohus tegi 29. juunil otsuse rikkumismenetluses Iirimaa vastu, milles käsitles loodusdirektiivi sätteid ja nendest tulenevaid kohustusi seoses Natura 2000 erikaitsealade moodustamisega, kaitse-eesmärkide kindlaksmääramisega ning kaitsemeetmete võtmisega.

Euroopa Komisjon esitas Euroopa Kohtusse hagi Iirimaa vastu, väites, et Iirimaa on rikkunud elupaikade direktiivi artikli 4 lõiget 4 ja direktiivi artikli 6 lõiget 1. Muuhulgas väitis Euroopa Komisjon, et 217 asjaomast ühenduse tähtsusega ala ei ole määratud erikaitsealaks ning et 140 asjaomase ühenduse tähtsusega ala suhtes ei ole kehtestatud kaitse-eesmärke ja et ühegi asjaomase ühenduse tähtsusega ala suhtes ei ole kehtestatud piisavaid kaitsemeetmeid.  

Euroopa Kohus nõustus enamike Komisjoni etteheidetega ning leidis, et Iirimaa on rikkunud loodusdirektiivist tulenevaid nõudeid. Kohtuotsuses toodi esile, et loodusdirektiivi artikkel 6 seab liikmesriikidele rea kohustusi ning näeb ette konkreetsed menetlused, mille eesmärk on liidu tähtsusega looduslike elupaikade ning looduslike looma- ja taimeliikide soodsa kaitsestaatuse säilitamine või vajaduse korral taastamine, et saavutada selle direktiivi üldisem eesmärk tagada direktiivi alusel kaitstavate alade puhul keskkonnakaitse kõrge tase. Kaitsemeetmeid tuleb rakendada tõhusalt ning täielike, selgete ja täpsete meetmetega.

Euroopa Kohus: kaitse-eesmärkide kindlaksmääramine on kohustuslik ja vajalik etapp erikaitsealade määramise ja kaitsemeetmete rakendamise vahel.
Iirimaa rakendab kaitsemeetmeid kümne riikliku programmi kaudu, mis on välja töötatud elupaigatüüpide ja liikide põhjal, ning ülevõtmismäärusega, mis näeb ette loakohustuse tegevuseks, millel võivad olla ühenduse tähtsusega alale olulised või kahjulikud tagajärjed.

Euroopa Kohus leidis esiteks, et selline ülevõtmismäärus ei ole piisav, sest kaitsemeetmed ei saa põhimõtteliselt piirduda meetmetega, mille eesmärk on vältida inimese põhjustatud välist kahjustamist ja häirimist, vaid kaitsemeetmed peaksid vajaduse korral hõlmama positiivseid ennetavaid meetmeid ala kaitsestaatuse säilitamiseks või taastamiseks. Teiseks ei võimalda need kümme riiklikku programmi kohtu hinnangul tuvastada, et Iirimaa oleks kaitsemeetmed kehtestanud vastavalt igal Natura alal esineva iga liigi ja iga elupaigatüübi ökoloogilistele vajadustele nagu nõuab loodusdirektiiv. Eelkõige oli Iirimaa Kohtu hinnangul jätnud olulises osas kehtestamata konkreetsed ja täpsed kaitse-eesmärgid. Kohus toonitas oma varasemat seisukohta, et kaitse-eesmärkide kindlaksmääramine on kohustuslik ja vajalik etapp erikaitsealade määramise ja kaitsemeetmete rakendamise vahel.

Küll aga ei nõustunud Euroopa Kohus Komisjoni väitega, nagu saanuks ainuüksi asjaolust, et Natura aladel võeti enne kaitse‑eesmärkide kindlaksmääramist vastu kaitsemeetmed, järeldada, et kaitsemeetmed ei vasta loodusdirektiivi nõuetele. Sellegipoolest rõhutas kohus, et oluline on tagada, et meetmed vastaksid kaitse-eesmärkidele ka juhul, kui need eesmärgid on määratletud pärast kaitsemeetmete võtmist.  

Euroopa Kohtu otsus C‑444/21