Vee kaitse ja kasutamise korraldamisel lähtutakse veemajanduskavast. Veemajanduskavad on koostatud kõikide veemajanduspiirkondade ehk vesikondade jaoks. Eestis on kolm vesikonda – Ida-Eesti vesikond, Lääne-Eesti vesikond ja Koiva vesikond. Kehtivad veemajanduskavad kinnitas Vabariigi Valitsus 2010. aasta aprillis ja need tuleb ajakohastada hiljemalt 2015. aasta detsembriks.

Veemajanduskava eesmärk on jõgede, järvede, rannikuvee ja põhjavee seisundi parandamine ning veekogude hoidmine looduslikena. Vesi paljudes jõgedes ja järvedes on rikutud, ka rannikuvesi ei ole heas looduslikus seisundis.

Vete seisundit halvendavad peamiselt asulate reovesi, põllumajandusest tulev reostus ja jõgede paisutamine ning tõkestamine. Viimase kümne aasta jooksul on reovete puhastuse ning reovee kogumise laialdane tõhustamine asulate reostuskoormust vähendanud ning see on paljude veekogude seisundit parandanud.

Ajakohastatavad veemajanduskavad keskenduvad senisest enam põllumajandusest ja hajaasustusest tulenevale reostusele, kliimamuutuste mõjule, paisutatud ja tõkestatud jõgedele ning veekogude tervendamisele. Veemajanduskavades on vaja täpsustada ka veekogudele kohalduvaid keskkonnaeesmärke ning nende täitmiseks vajalikke piiranguid.

Ajakohastatavates veemajanduskavades täpsustatakse ka üksikasjalikke meetmeid vete seisundi parandamiseks, meetmete elluviijaid, tegevuseks vajalikke kulutusi ning tegevusest saadavat tulu. Veemajanduskavade ajakohastamine toimub samal ajal üleujutusohuga seotud riskide maandamiskava koostamisega, seetõttu ajakohastatud veemajanduskavades esitatakse ka teavet võimalike üleujutusohtude ning -riskide kohta.

Veemajanduskava, veemajanduskava meetmete kava ning üleujutusohuga seotud riskide maandamiskava koostamises osalemine on avatud kõikidele asjast huvitatud isikutele. Oma ettepanekuid ja vastuväiteid saab esitada igaüks. Selleks korraldatakse igas vesikonnas kolmel korral veemajanduskavaga seotud dokumentide ja materjalide kuus kuud kestev avalik väljapanek.

Ettepanekuid ja vastuväiteid, oma seisukohti ning nõudeid saab esitada 2012. aastal veemajanduskavade koostamise ajagraafiku ja tööplaani kohta, 2013. aastal oluliste veemajandusprobleemide kohta ning 2015. aastal veemajanduskava eelnõu kohta. 

Täiendavat teavet veemajanduskavade koostamise ja ajakohastamise, vee kaitse ja kasutamisega seotud meetmete täpsustamise ning üleujutusohuga seotud riskidega seotud maandamiskavade koostamise kohta saab Keskkonnaministeeriumist, veebilehelt www.envir.ee/vmk.