Keskkonnaministeeriumi hinnangul on Rail Baltic Eestile vajalik ja maanteeliikluse alternatiivina  keskkonnasõbralik transpordiprojekt, kuid peab selle planeerimisel oluliseks välistada sellised trassivalikud, mis võivad ohustada loodusväärtuste säilimist.

"Kaasaegne rongiliiklus on kindlasti üks mõistlikumaid ja loodussäästlikumaid transpordiviise. Samas on selge, et iga suure taristuprojekti puhul on negatiivne mõju keskkonnale alati olemas ning sellest ei tohi mööda vaadata ka Rail Balticu puhul. Seda mõju tuleb ausalt hinnata ning vältida seal, kus võimalik," selgitas keskkonnaminister Keit Pentus-Rosimannus. "Nii näiteks oleme varakult teada andnud, et peame vajalikuks välistada tulevase kiirraudtee trassivalikud, mis võiksid seada ohtu kaitsealuse Tuhala nõiakaevu ja Nabala karstiala säilimise."

Ministeerium juhib Pärnu, Harju ja Rapla maavalitsustele saadetud kirjas tähelepanu sellele, et lisaks olemasolevatele kaitstvatele loodusobjektidele tuleb arvestada ka projekteeritavate kaitsealadega, seal hulgas Nabala karstiala hõlmava maastikukaitseala ettepanekuga.

Ministeeriumi hinnangul on see hõlpsasti tehtav, kuna esitatud raudtee võimalike kulgemisteede hulgas on ka olemaasolev alternatiivne trass, mis Nabala karstiala ei mõjuta.

Keskkonnaminister Keit Pentus-Rosimannuse sõnul on Nabala piirkond üks näide, kus loodusväärtustele pöördumatu kahju tekitamisest tuleb hoiduda. Sama tõsiselt tuleb tema sõnul otsida lahendust kohtades, kus Rail Baltic läbib Natura alasid. Negatiivne mõju Natura 2000 võrgustikule on seaduse kohaselt lubatav ainult alternatiivsete lahenduste puudumisel, siis tuleb aga teha kõik võimalik sellise mõju leevendamiseks. "Loodus on habras ja nii mastaapse projekti puhul tuleb sellega eriti arvestada. Praegu võib öelda, et Rail Balticu projekti vedajad võtavad loodusega arvestamise vajadust ja mõistlike lahenduste otsimist tõsiselt. See on kindlasti kogu projekti õnnestumiseks oluline," lisas Pentus-Rosimannus.

Praegune Rail Balticu kavandatav raudtee trassikoridor läbib Harju-, Rapla- ja Pärnumaad. Oktoobris toimuvad kohalikes omavalitsustes avalikud arutelud, kus kõigil on võimalus osa võtta ja oma seisukoht esitada.

Täpne trassi asukoht peaks selguma aastal 2015.