Keskkonnaagentuuri läbi viidud haudelindude koosluste seire tulemused näitavad märgadele ja lagedatele madalsoodele iseloomulike liikide kadumist ja põõsastike- ning puistulembeste liikide lisandumist madalsoode haudelindude kooslusest.

Veetaseme pikaajalisele langusele viitavad muutused ka taimekoosluses - pilliroostumine, porsastumine ja kasevõsa pealetung madalsoode servaaladel. Soode haudelinnustiku seire tulemused näitavad Puhatu soostiku linnuelupaikade seisundi allakäigu jätkumist.

Puhatu soostik oli enne põlevkivi avakaevandamise alustamist Viivikonna, Sirgala ja Narva karjäärides Eesti suurim soostik (57 tuh. ha). Käesolevaks ajaks on Puhatu soostikust ligikaudu pool hävinud. Säilinud on veel Puhatu looduskaitseala (12 tuh. ha) koosseisus olevad rabad ning siirdesood ning Agusalu looduskaitseala (11 tuh. ha) koosseisus olevad sood.

Eelmine täielik ülevaade Puhatu soode haudelindudest pärineb 1996. aastast. Selle aja jooksul on linnukooslusest peaaegu kadunud lagesoodele iseloomulikud kahlaja- (nt kiivitaja, punajalg-tilder, väikekoovitaja, suurkoovitaja) ja värvuliseliigid (nt põldlõoke, sookiur). Puistulembeste liikide osakaal (nt metskiur, metsvint, salu-lehelind) on kasvanud plahvatuslikult. Eriti tugev on puistumise mõju Puhatu põhjaosas, Mustaladva rabas, mis piirneb vahetult Narva karjääriga. Puhatu soode peamiseks probleemiks on veepuudus, mida põhjustab suure tõenäosusega Narva karjääri depressioonilehter.

Kui 20 aastat tagasi hinnati Puhatu soostikus elutsevat pool rabapüü asurkonnast, siis käesoleval ajal puuduvad kindlad leiuandmed väljaspool Alutaguse maastikurajooni. Puhatu soostikus elutseb käesoleval ajal hinnanguliselt 10 paari rabapüüsid. 20 aastat tagasi hinnati selleks arvuks 50-60 paari - mis tähendab arvukuse langust enam kui 3% aastas. Vaatamata sellele, et rabapüü elupaigad on Eestis üsna hästi kaitstud, on rabapüü leviku taandumine tõenäoliselt seotud kliimamuutustega. Lisaks soojade ja lumeta talvede sagenemisele on Puhatu rabapüüde arvukuse allakäigu põhjuseks ka elupaikade metsastumine.

Rabapüüst paremini on läinud Puhatu soode servades elutsevatel metsistel. Keskkonnaagentuuri korraldatud metsise mängude seire käigus tehti kindlaks mitme uue mängu asukohad ning viimaseks metsisekukkede arvukushinnanguks saadi Puhatu linnualale 30-40 kukke. Varasemalt (1996) on metsisekukkede arvukust hinnatud 40-50 kukeni. Üleriigilist metsise arvukuse langust arvestades (ligi 2% aastas 20 aasta kohta) on metsise arvukus Puhatus püsinud stabiilsemana.